Den nuværende klosterhave blev etableret i 2003 syd for kirken, og er designet af landskabsarkitekt Sven-Ingvar Andersson og kirkegårdsleder Martin Jensen. Cand. theol. Michael Rejnholdt Vesth har udvalgt planterne ud fra kendskabet til middelalderens klosterhaver. Den ugentlige vedligeholdelse hører ind under klosterhavens frivillige laug.
Brugen af urter kendes helt tilbage fra Babylon for 4000 år siden. Oldtidens ægyptere og grækere udviklede og forfinede dyrkningen af urter til den spirende lægevidenskab og til kulinariske delikatesser. Men det var romerne, der på deres erobringstogter udbredte kendskabet til krydderurter i Europa.
I middelalderen var det især munke og nonner, der overtog dyrkningen af urter, og munkene fik en meget stor viden om urternes egenskaber. Munkene oprettede det første sygehusvæsen i Danmark og indenfor klostrets mure anlagdes urtehaver med planter til brug i medicin. Planterne var bragt med fra rejser sydfra, og de friske eller tørrede planter var gundlaget for mange behandlinger.
Den bagvedliggende tankegang var, at Gud havde sat sit mærke, sin signatur, på alt i naturen, så at man kunne finde ud af hvordan det kunne bruges som medicin. Dette kaldes signaturlæren. Planter med hjerteformede blade blev derfor brugt mod hjertesygdomme, blade med lungeformede bladnerver blev brugt mod lungesygdomme, og planter med hårlignende blade, som asparges og fennikel blev brugt i behandlingen af hårsygdomme. Mange planter bærer den dag i dag navne, som stammer fra denne tankegang, for eksempel hjerteurt og lungeurt.
Signaturlæren forbindes med lægen og alkymisten Paracelsus (1493-1541) fra Salzburg. På dansk jord var den ansete læge Henrik Harpestreng særlig kendt (død 1244). Hans ry er knyttet til de af ham forfattede lægebøger på dansk, hvoraf der foreligger forskellige mere eller mindre fuldstændige håndskrifter. Henrik Harpestreng var kannik ved Roskilde Domkirke og livlæge for Erik Plovpennig, der ligger begravet i Sct. Bendts Kirke.
Vi kan også takke munkene for et stort udvalg af planter, der i dag kaldes for køkkenurter og som vi gør brug af i den daglige madlavning. Urterne blev nemlig også brugt i klosterkøkkenet. Under fasten, hvor kød var bandlyst, brugte man krydderurterne til at give maden karakter gennem forskellige smagsnuancer, fx hvidlæg, persille, kamille, radise, spinat, rosmarin, salvie.
Men også det vi i dag betegner som prydplanter fx alant, dorothealilje, hasselurt, husløg, kvæsurt, lægesalvie og spansk kørvel har også alle været benyttet som lægeplanter i klostrene.
